Alates 2022/23 õppeaastast saab humanitaarteaduste ja kunstide valdkonna doktoriõppekaval õppida kahel eesti ja üldkeeleteaduse instituudi erialal: „Keeleteadus“ ja „Fennougristika“.
Instituut õpetab magistriõppes kolme õppekava: keeleteadus, eesti keel ja soome-ugri keeled inglise keeles (Estonian and Finno-Ugric Languages) ning eesti keele ja kirjanduse õpetaja.