Instituut õpetab magistriõppes kolme õppekava: keeleteadus, eesti keel ja soome-ugri keeled inglise keeles (Estonian and Finno-Ugric Languages) ning eesti keele ja kirjanduse õpetaja. Eesti keele ja kirjanduse õpetaja õppekaval saab õppida kahel erialal: eesti keele ja kirjanduse õpetajaks või eesti keele võõrkeelena õpetajaks. Altpoolt leiad õppekavade tutvustused.