Eesti keele osakond on insituudi kõige suurem osakond, mis tegeleb tänapäeva eesti keele häälduse, sõnavara ja grammatilise struktuuri ning tänapäeva eesti keele varieerumise uurimisega, aga ka eesti keele ajaloo, kujunemise ja murretega, sh lõunaeesti keelega.
Osakond koostab ja haldab mitut eesti keele korpust (nt suulise kõne korpus, spontaanse kõne foneetiline korpus, eesti murrete korpus, vana kirjakeele korpus, seto korpus jne).
Osakonda kuuluvad suulise ja arvutisuhtluse labor, mis uurib suhtlust; foneetikalabor, mis uurib hääldust; ja eesti keele väljendusõpetuse keskus, mis korraldab eesti keele väljendusõpetuse õpet terves ülikoolis.